Izvajamo ga lahko samo na dokumentih s statusom Knjižen. Med storniranim in storno dokumentom program zapiše vezavo. V primeru, da imamo za obračun v SAK že narejeno zapiranje (vezavo), program storno obračuna kljub temu knjiži. V obvestilu ob knjiženju je opozorilo, da se je prenos v SAK izvedel, ni pa se izvedlo zapiranje po vezni številki. 

Poročilo povezanih dokumentov izvedemo z opcijo Izpis kartice povezanih dokumentov za obdobje.

Pri knjiženju storno dokumenta program ohrani podatek o kontu in protikontu iz originalne knjižbe. Tako ne pride do napake (določitev drugega konta in protikonta) pri izničenju kontov na obračunu.

Primer:
Na kartici partnerja v Saldakontih imamo izdani fakturi, odprti na nek konkreten dan. Valuta za plačilo obeh izdanih računov je v januarju 2012.

Najprej pripravimo obračun obresti na primer iz odprtih postavk na dan 7.2.2012, ga knjižimo in prenesemo v Saldakonte. V polje Do se nam vpiše datum do katerega smo postavki obračunali obresti.

Po izvedenem knjiženju in prenosu obračuna v Saldakonte se na originalnih dokumentih spremeni podatek o datumu obračuna obresti na 7.2.2012. Tako vedno vemo, do kdaj smo obračunali obresti.

Naslednji obračun obresti pripravimo na 19.3.2012. Z novim obračunom se nam ustrezno definirajo tudi datumi.

Na kartici partnerja 04135 se sedaj vpiše datum 19.3.2012.

Storniramo lahko samo zadnji obračun, v našem primeru je to obračun številka 12-00012. V primeru, da želimo stornirati njegov predhodni obračun, nam program po potrditvi opcije Avtomatski storno obračuna javi zaporedno številko novega obračuna.

Avtomatski storno zadnjega obračuna izvedemo z opcijo na desnem meniju. 

Obvezno moramo za prikaz avtomatskega storna na kartici partnerja v Saldakontih, označiti D v polju Prenos. Lahko pa kreiramo avtomatski storno izdanega računa v Fakturiranju. V tem primeru označimo za Saldakonte N in za Fakturiranje izberemo D.

Kreira se nam nov dokument, ki je naveden v programskem obvestilu. Nov dokument je dobil status Potrjen in je pripravljen za knjiženje.

 Storno obračun dobi takoj status Potrjen, izvesti moramo samo še knjiženje. Na kartici partnerja lahko sedaj vidimo, da je obračun 12-00012 je storniran in so se datumi v polju Obračun obresti postavili nazaj na stanje pred obračunom 12-00012.

Poudariti je potrebno, da se nam v primeru postavke, ki je bila v Obračun obresti prenesena iz Saldakontov preko menija Ostalo\Prenos v obračun obresti, z Avtomatskim stornom spremeni tudi status prenosa v obračun obresti nazaj na nepreneseno.